薄层色谱扫描仪由光源、光学采样系统、薄层色谱作站三大分组成，作站控制仪器可对薄层色谱行采样并对斑点行定量处理，定量度与口产品相近。HAD-2005型薄层色谱扫描系统的使用成本低。可满足药厂、校日常分析的需要，省时省力是您实验室的好助手。
薄层色谱扫描仪的使用有时会出现稍许误差，误差包括三个方面：点样误差、展开误差、定位误差和检测误差。
采用自动点样器，误差可控制在0.5%，熟练的分析人员用毛细管点样，误差小于1.0%，若用微量样器，误差会大些。
展开误差来自铺板的均匀性和样品展开效果，若采用预制的薄层板，误差会明显降低，采用双波长锯齿扫描，也能有效降低展开误差。
定位误差值斑点的位置和大小判定，扩散、脱尾等易产生定位误差。检测误差来自光源的稳定性、光检测器的稳定性以及样品对光吸收（或荧光产生）的线性度等方面。为减少这些误差，需要非常的机电系统，这也直接导致产品昂的价格。
通常情况下，薄层扫描分析的误差在3%以下。
薄层数码成像分析是利用数码成像设备获得薄层板上各点的光强度信息，之后对获得图像行分析的薄层分析。数码成像设备包括两种：照相机和扫描仪（由于数码扫描仪采用逐行成像，为便于区分传统薄层扫描仪的逐点扫描，将数码扫描仪称为逐行扫描仪）。
和传统薄层扫描样，照相机或逐行扫描仪都具有光检测系统，它们都是将光量线性转化为电信号的元件。不同的是，照相机和逐行扫描仪可步将电信号转换成电脑图像，图像中单个点（像素）的颜色深浅反映了光的强弱。
因此，薄层数码成像更接近人眼观察检测，结果更直观，因此非常适合鉴别，别是中药纹图谱的识别。
薄层色谱扫描仪不仅能成普通白光照射下的成像分析，再装配254nm或365nm紫外灯后，也可以检测异荧光，异荧光检测。
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